L'OBVBM n'est pas né de la dernière pluie! Il est le résultat d'une prise de conscience des problèmes de la baie Missisquoi dès les années 70. Les municipalités riveraines des MRC Haut-Richelieu et Brome-Missisquoi ainsi que des associations de citoyens se sont mobilisées pour passer à l'action avec les représentants gouvernementaux responsables de l'environnement, de l'agriculture, des municipalités, du tourisme et de la région de la Montérégie.

C'est en 1999 que cet organisme à but non lucratif a été créé sous le nom de Corporation Bassin Versant baie Missisquoi, dont le nom a été modifié en 2009. La mission de l'OBVBM inscrite officiellement dans la charte et les règlements généraux est la suivante : « Améliorer la qualité des eaux du bassin versant de la baie Missisquoi du lac Champlain afin d'en recouvrer les usages et de mettre en valeur ses ressources dans une perspective de développement durable. »

À propos de sa structure, l'OBVBM est un organisme de concertation regroupant différents intervenants du milieu, des secteurs communautaire, municipal et économique. Dès l'année 2000, un premier plan d'action concerté a été élaboré par ces acteurs de l'eau afin d'obtenir rapidement une mobilisation générale pour la réalisation d'actions concrètes.

L'OBVBM est financé en majeure partie par le MELCC qui lui a confié le mandat de réaliser un PDE. En plus d'un portrait et d'un diagnostic du bassin versant, le PDE comprend des objectifs spécifiques et un plan d'action détaillé qui sera appliqué avec la participation de différents partenaires du milieu.